Pada bulan Juli 1979, sejumlah dokter bedah umum yang sering menangani kasus pembedahan sistem pencernaan berkumpul di Bali untuk mendirikan IKABDI sebagai dasar pengembangan pendidikan subspesialis Bedah Digestif. Pendidikan nonformal dengan model magang mulai dilakukan pada tahun 1980 di RS Cipto Mangunkusumo, RS Hasan Sadikin, dan RS Dr. Sutomo. Setelah 22 tahun persiapan, pada tahun 1998 resmi didirikan Kolegium Ilmu Bedah Digestif Indonesia untuk mengembangkan standar kompetensi dan kurikulum nasional, serta pada tahun 2008 dibuka tiga pusat pendidikan baru di RS Dr. Kariadi Semarang, RS Dr. Wahidin Sudiro Husada Makasar , dan RS Prof Sardjito Yogyakarta guna memenuhi kebutuhan pelayanan bedah digestif di Indonesia.

Pada tahun 1977, pendidikan subspesialis Bedah Onkologi dimulai di RSUP Dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta, dengan tujuan menghasilkan dokter yang memiliki kemampuan akademik setara program S3 serta keterampilan klinis tinggi dalam menangani kasus tumor solid (kepala & leher, payudara, kulit, dan jaringan lunak). Pada tahun 1984, PERABOI diakui sebagai bagian dari IKABI sehingga kurikulum pendidikan disusun secara formal melalui Majelis Penilai Nasional/Kolegium PERABOI, dan hingga kini telah terdapat 8 pusat pendidikan di seluruh Indonesia. RSUP dr. Kariadi  Semarang telah memulai Pendidikan Subspesialis Bedah Onkologi sejak tahun 2008.